В состав архитектурного комплекса входит несколько знаменитых некрополей, где покоятся многие выдающиеся деятели XVIII-XIX веков.

В июле 1710 года, осмотрев место у впадения Чёрной речки (нынешняя Монастырка) в Неву, царь издал приказ строить здесь монастырь, в распоряжение которого было выделено 5000 кв. саженей по обoим берегам Невы, угодья в Олонецком крае, а также был приписан богатый Валдайский Иверский монастырь со своими вотчинами.

Посвящение монастыря святому князю Александру Ярославичу Невскому объяснялось тем, что именно в этом месте, как тогда считалось, князь одержал победу над шведами в Невской битве 1240 года. Учитывая, что обитель строилась в разгар войны со Швецией на отвоёванных землях, историческая перекличка весьма показательна.

Обустройством нового монастыря руководил архимандрит Феодосий (Яновский). Официальная дата основания — день освящения первой деревянной Благовещенской церкви — 25 марта 1713 года (праздник Благовещения Пресвятой Богородицы).

Будучи построенным в стиле ампир, это один из самых крупных храмов Санкт-Петербурга, посвященный чудотворной иконе Божией Матери Казанской, возможно самой почитаемой иконе в России

Казанский собор — один из крупнейших храмов Санкт-Петербурга, выполненный в стиле ампир. Построен на Невском проспекте в 1801—1811 годах архитектором А. Н. Воронихиным по заказу императора Павла I, желавшего, чтобы собор был похож на собор Святого Петра в Ватикане. Ранее на месте собора находила церковь, построенная в 1733-1737-х годах архитектором М.Г. Земцовым.

После Отечественной войны 1812 года приобрел значение памятника русской воинской славы. Здесь похоронен известный русский фельдмаршал Михаил Кутузов, победивший в самом главном сражении. C 1932 по 1991 гг. был Музеем истории религии и атеизма, а с 1991 года является действующим храмом. С 2000 года — кафедральный собор Санкт-Петербургской епархии Русской Православной Церкви. Собор дал название Казанской улице, Казанскому острову в дельте Невы и Казанскому мосту на пересечении Невского проспекта и канала Грибоедова. Казанский собор примечателен своей планировкой. Полукруглая колоннада украшает боковой, а не лицевой его фасад. По церковным канонам, алтарь должен был располагаться в восточной, а главный вход – в западной части собора.

2 июля 1737 года сюда перенесли Казанскую икону Божией Матери. В Санкт-Петербург эта реликвия, принадлежавшая царице Прасковье Фёдоровне, была привезена ещё при Петре I в 1708 году. До переноса в новый храм она хранилась в деревянной часовне на посадской улице, затем в Троицком соборе на Троицкой площади. Освящение церкви состоялось 13 июня (по мнению историка П. Я. Канна) или 3 июля 1737 года. Второй вариант кажется более логичным, если учитывать дату переноса сюда Казанской иконы. На церемонии присутствовала Анна Иоанновна. По хранимой здесь иконе церковь в народе стали именовать "Казанской". Во время правления Елизаветы Петровны церковь получила статус собора, храм официально стал называться Казанским.

Во второй половине XVIII - начале XIX веков он был главным в Санкт-Петербурге. В 1739 году здесь венчались принцесса Анна Леопольдовна и принц Антон Ульрих. В 1745 году - будущие императоры Пётр III и Екатерина II. С тех пор здесь венчались члены царское семьи. В 1762 году после дворцового переворота в Казанском соборе принимала присягу гвардии Екатерина II. В 1773 году Казанская церковь стала местом венчания будущего императора Павла I и принцессы Гессен-Дармштадская.

Действующая православная часовня в Петербурге, которая находится на месте погребения святой блаженной Ксении Петербургской.

Блаженная Ксения тайно помогала людям, попавшим в беду, имела пророческий дар и считалась скорой помощницей в земных страданиях. В 1988 году Поместный собор Русской Православной церкви канонизировал Ксению за святость жизни, глубокую любовь к страждущим и за чудеса, совершающиеся до настоящего дня по молитвам Блаженной.

На её могиле насыпали земляной холмик. Люди, почитавшие Ксению, верили в чудодейственную силу земли с её могилы и брали по горстке с собой. Холмик насыпали много раз и каждый раз его разносили. Позже на месте холмика положили каменную плиту, которую люди также разбирали по камушкам. В третьей четверти XIX века над могилой построили маленькую часовенку. В 1902 году по проекту архитектора А. А. Всеславина была возведена обширная каменная часовня в псевдорусском стиле.

В сентябре 1940 года часовню закрыли вместе со Смоленской церковью. Тогда же было принято решение снести часовню, однако оно было позже отменено. Во время Блокады Ленинграда в часовне находился склад тары из-под горючих жидкостей. В те годы было утеряно большое количество церковных ценностей.

В 1947 году часовня была открыта и, после ремонта 1 февраля 1947 г., освящена настоятелем Смоленской церкви протоиереем Василием Раевским. По решению властей 18 ноября 1962 года она была снова закрыта и отдана под скульптурную мастерскую.

Русской Православной Церкви она была возвращена только в 1983 году. После проведения реставрационных работ часовня была вновь освящена 10 августа 1987 года митрополитом Ленинградским и Новгородским Алексием (Ридигером).

В 2003 году над часовней была восстановлена золочёная главка.

Монастырь был основан Иоанном Кронштадтским в честь Иоанна Рыльского в начале XX века

Здание было построено в 1900-1902 гг. по проекту архитектора Никонова. Нижний храм освящен в честь преподобного Иоанна Рыльского, небесного покровителя Дорогого Батюшки, верхний собор — в честь Двенадцати Апостолов. Настоятельницей обители была духовная дочь о. Иоанна, игумения Ангелина (Сергиева) (1867-1927).

С самого начала отец Иоанн особенно заботился о благоустроении новой обители. Еще при жизни Батюшки, его трудами и молитвами монастырь достиг своего расцвета. Обитель привлекала богомольцев своими уставными службами, умилительным пением сестер-певчих. Сам о. Иоанн любил называть себя «Божией милостью строитель Иоанновского монастыря». Здесь располагались его покои, в которых он останавливался во время посещения Северной столицы. Здесь же был устроен храм-усыпальница, в котором по завещанию Батюшки он и был похоронен 22 декабря 1908 года. Усыпальница была освящена во имя пророка Илии и царицы Феодоры, небесных покровителей родителей о. Иоанна.

К 1917 году в монастыре проживало 350 сестер. Практически все необходимое сестры делали сами. Обитель имела свое подсобное хозяйство, мастерские, больницу. Оказывалась благотворительная помощь нуждающимся, действовал приют для сирот. Во время I Мировой войны в монастыре был открыт лазарет для раненых солдат и офицеров.

После прихода новой власти монастырь был закрыт в 1923 году, все имущество было вывезено и разграблено, а здание передано в ведение более 20 различным организаций. В последующие годы почти все сестры подверглись арестам и были сосланы в тюрьмы и лагеря.

В 1989 году началось возвращение монастыря Русской Православной Церкви. За 70 лет, прошедшие после закрытия обители, здание пришло в сильный упадок. Храмы и все помещения были перестроены. Потребовалось несколько лет интенсивных ремонтно-восстановительных работ для того, чтобы возвратит монастырю его первоначальный облик.

Одновременно с восстановлением стен началось возрождение монашеской жизни. После того, как 13 июля 1991 года Приснопамятный Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II совершил освящение верхнего храма, в обители ежедневно совершаются службы. Постепенно налаживается работа монастырских мастерских. В храме-усыпальнице св. прав. Иоанна Кронштадтского создан небольшой музей посвященный ему и истории монастыря. При обители действует бесплатная воскресная школа. В 1992 год монастырь получил статус ставропигиального и с того момента находится в непосредственном подчинении Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси.