Экспозиция «Три века кронштадтской истории» — одна из постоянных в данном музее — находится в непосредственной близости от Морского собора и рассказывает о более чем 300-летней истории города, крепости, порта. Тематически экспозиция разделена на три зоны — синюю, красную и зеленую — в соответствии эпохам — от петровской до новейшей. В Музее представлены макеты первого в России форта «Кроншлот», уникального Петровского дока, а также кронштадтских соборов. В рамках экспозиции также можно посетить «блокадную комнату», воссоздающую атмосферу тяжелых блокадных дней в городе Кронштадте. Помимо этого, в экспозиции находится интерактивный перископ подводной лодки, поэтому у каждого посетителя есть возможность попробовать себя в целенаведении. 

В здании башни городского водопровода, расположенного по адресу Ленинградская улица, 2 — представлена экспозиция «Подводная археология». Экспозиция раскрывает тайны Балтийского моря, которое само по себе является бесценной кладовой истории, где до сих пор сохраняются уникальные экспонаты прошлых эпох. В залах Музея собраны сотни уникальных экспонатов, поднятых специалистами Центра подводных исследований Русского географического общества с морского дна. Здесь можно познакомиться с историей кораблестроения и судоходства. В витринах представлены предметы морского быта, детали судового интерьера, относящихся к концу XVII — середине XX века. Центральное место в музейном пространстве занимают два крупных фрагмента корпуса линейного корабля «Лондон», дающие представления о том, как строились корабли во времена правления Петра I.

На базе Музея истории Кронштадта базируется Центр музейной педагогики, который разрабатывает увлекательные игровые интерактивные программы, квесты и мастер-классы. Мероприятия подготавливаются для разных возрастных категорий и проводятся как на площадках Музея, так и в городском пространстве.

Для разработки стратегии развития туризма, качественного информационного и экскурсионного обслуживания кронштадтцев и гостей города с 2008 года работает Информационно-культурный центр Музея истории Кронштадта и павильон Информационно-культурного центра, напротив центрального входа в Петровский парк. Сотрудники центра организуют экскурсии по городу и Музею истории Кронштадта. В Информационно-культурном центре все желающие могут бесплатно получить рекламно-полиграфическую продукцию: карту по городу, тематические буклеты и карманные календари с видами Кронштадта.