Начало Санкт-Петербургской государственной академии ветеринарной медицины было положено основанием 17 июля 1808 года ветеринарного отделения в стенах Императорской Медико-Хирургической академии, размещенной в Санкт-Петербурге. Изначально было открыто три специальные кафедры для изучения ветеринарных наук, которые возглавили ученые, прошедшие стажировку по профилирующим предметам за рубежом. Профессор Я. К. Кайданов специализировался на патологиях, терапии, фармакологии и диететиках; на кафедре, руководимой проф. А. М. Яновским, особое внимание уделяли хирургии, «наставление о заводах», наружности домашних животных; на кафедре, курируемой проф. И. Д. Кнегиным, студенты грызли «гранит науки» зоотомии, физиологии, эпизоотологии. 

Музей кафедры патологической анатомии, являющийся одним из крупнейших патолого-анатомических музеев Европы, был основан в 1921 г. профессором Баллом Н.Д. Коллекция музея начала создаваться в те годы силами преподавателей Ленинградского ветеринарного института и ветеринарными врачами, работавшими по всей стране. Именно тогда в ней появились уникальные и невосполнимые в настоящее время препараты сапа, сибирской язвы, чумы и пневмонии крупного рогатого скота.

В 1958 г. коллекция существенно пополнилась препаратами из института усовершенствования ветеринарных врачей. На сегодняшний день фонды музея насчитывают более 8000 микроскопических препаратов по патологическим процессам и болезням животных, и число их постоянно увеличивается. В хранилищах музея хранится более 4000 гистологических препаратов патологических процессов. Сегодня музей кафедры патологической анатомии остается самым крупным музеем Европы в своей категории. 

В довоенные годы на кафедре работали художники Анна и Григорий Гарнак. В музее хранится более 1700 выполненных ими оригинальных рисунков патологических процессов и изменений органов при болезнях животных. Коллекция музея размещена в трех музейных комнатах.

В настоящее время посещение музея каждой кафедры проводится отдельно на договорной основе и только по предварительной записи в удобное для посетителей и сотрудников время.