По итогам Северной войны, длившейся с 1700 года по 1721 год, коалиция государств во главе с Российской Империей — одержала победу над Шведским королевством. Сразу после завершения войны, Петр I решил укрепить оборону Петербурга со стороны моря, поручив начать возведение форта «Цитадель» для защиты кораблей, которые стояли в гавани Кронштадта. К 1724 году форт был построен и в нем было установлено 106 орудий.

Крепость простояла без значительных перестроек ровно 100 лет — до 1824, когда ее разрушило сильнейшее наводнение.

Разрушительный природный катаклизм разрушил несколько фортов сразу, но восстановление крепостей в 1827 году — решили начать именно с «Цитадели». Форт был выстроен заново, но на этот раз из камня. По окончании строительства в 1834 году — «Цитадель» — указом Николая I — была переименована в форт «Император Петр I».

Интересно, что между фортами «Петр I» и «Александр I», а позже между фортами «Кроншлот» и «Петр I» — впервые в мире было установлено минное подводное заграждение, которое в свою очередь, помогло защитить город в период Крымской войны.

К концу XX века форт утратил свою фортификационное предназначение. После, на территории крепости в разное время располагались химические лаборатории по изготовлению взрывчатых веществ. В период Великой Отечественной войны, здесь круглосуточно подготавливались взрывчатые устройства, например: мины, торпеды и иные снаряды. После войны форт использовался в большей степени, как хранилище морских снарядов.

В начале XXI века форт использовался для хранения военно-морского арсенала и был закрыт для посещения. Но уже в ближайшее время форт будет отреставрирован и приспособлен для использования в рамках нового городского кластера тематической и образовательной направленности города Кронштадт.