В 1836 году на месте разрушенного наводнением форта «Петр I» началось строительство нового сооружения — форта «Император Александр I». Строительство велось девять лет и завершилось лишь в 1845 году. На торжественном открытии присутствовал император Николай I, в честь брата которого и был назван форт.

Примечательно, что данный форт ни разу не принимал участия в боевых действиях, хотя трижды приводился в состояние боевой готовности (1855 г., 1863 г., 1877 г.). Неприятельские корабли опасались подходить близко в связи с сильными огневыми позициями форта.

В начале XIX века форт утратил свое боевое значение и уже в период с 1897 года по 1918 год — форт «Император Александр I» использовался в качестве лаборатории по исследованию чумы. Несмотря на все правила безопасности, на территории острова то и дело возникали вспышки данного заболевания. Сотрудники на постоянной основе рисковали собственными жизнями, разрабатывая вакцину, которая в свою очередь, распространялась не только в России, но и отправлялась за рубеж. Так, после очередной вспышки и смерти медицинского персонала в 1907 году — за фортом закрепилось неофициальное название — «Чумной».

В годы революции лаборатория прекратила свое существование и с 1923 года форт использовался как складское помещение.

Начиная с 1980-х годов форт был полностью заброшен. Интересно, что в 1985 году на территории крепости проходили съемки фильма «Порох», режиссера Виктора Аристова, посвященного истории обороны Ленинграда. В результате масштабного пожара, необходимого по сценарию кинофильма, форт полностью выгорел.

Вторая жизнь крепости началась на рубеже XXI века, когда правительство Санкт-Петербурга приняло решение о реставрации форта, находящегося под охраной ЮНЕСКО. В результате реставрационных работ — крепости не только вернули исторический облик, но и открыли внутри музей, посвященный истории Кронштадта и фортификационным сооружениям города.