剧院和宫殿以大王子米哈伊尔·巴甫洛维奇的名字命名，随着时间的推移，与优雅的艺术紧密相连。1859年，建筑师阿尔伯特·卡沃斯负责城市音乐剧院，他重建了这座建筑，扩大了舞台，并在观众席上增加了一层：剧院越来越受欢迎。正是在这个重建过程中，意大利艺术家乔瓦尼·布扎托的“启蒙运动和科学战胜无知的黑暗力量”的巅峰出现在米哈伊洛夫剧院。

整个圣彼得堡的灯光都聚焦在剧院，包括宫廷和皇室。法国和德国剧团在舞台上表演，约翰·施特劳斯大师不止一次进行指挥。

1917年后，剧院的历史变得更加戏剧化，更加丰富。革命后，外国演员被迫离开该国，米哈伊洛夫剧院迫切需要组建自己的剧团。

1918年3月6日，剧院作为彼得格勒第二国家歌剧院开启了新的一季。1920年，剧院更名为国家学术喜剧剧院；1921年更名为小学术剧院，1926年更名为列宁格勒学术小歌剧院。尽管这些年来命运艰难，剧院仍然处于城市生活的顶峰。20世纪30年代，芭蕾舞团由杰出的舞者和编舞费奥多尔·洛普霍夫领导。与此同时，剧院成为“苏联歌剧创作实验室”。在他的舞台上，德米特里·肖斯塔科维奇的歌剧《鼻子》和《姆岑县麦克白夫人》以及维塞沃德·梅耶霍尔德的开创性《黑桃夫人》首次上演。战后，小歌剧和芭蕾舞剧院继续与现代作曲家合作，在世界上首次上演了谢尔盖·普罗科菲耶夫的《战争与和平》。

随着时间的推移，剧院的角色越来越大，而不是剧院导演，而是著名的指挥家：鲍里斯·海金、基里尔·康德拉辛、爱德华·格里库罗夫、尤里·特米尔卡诺夫、库尔特·桑德林。

1989年，剧院以莫德斯特·彼得罗维奇·穆索尔斯基的名字命名，舞台上的主要角色是俄罗斯经典作品：鲍里斯·戈杜诺夫和穆索尔斯基的《霍万什奇纳》、叶夫根尼·奥涅金和柴可夫斯基的《黑桃皇后》、里姆斯基·科尔萨科夫的《金公鸡》和《萨尔坦国王的故事》、博罗丁的《伊戈尔王子》。

2001年，被重新命名为革命前的名字。自2007年以来，米哈伊洛夫斯基剧院的历史名称一直保持在首位，并被添加到1991年以来的官方名称中：圣彼得堡国立学术歌剧，芭蕾舞剧院，穆索尔斯基-米哈伊洛夫斯基剧院。今天，剧院忠实于俄罗斯音乐剧院数百年的传统，努力跟上现代世界戏剧进程的脉搏。大厅和观众区的重新设计使观众能够舒适地在剧院度过时光。