Это старейший мост, ровесник Санкт-Петербурга. История строительства Иоанновского моста связана с историей Петропавловской крепости. В 1703 году наплавной деревянный мост соединил крепость на Заячьем острове со строениями на Березовом (ныне Петроградском) острове. В 1706 году наплавной мост был заменен постоянным деревянным на свайных опорах с подъемной частью посередине. Мост получил название Петровского. В 1887 году был переименован в Иоанновский.

За всё время своего существования мост неоднократно перестраивался. В 1950-1951 годах при очередном ремонте моста по проекту инженера В.В. Блажевича семь пролетов были перекрыты металлическими балками. В 1953 году по проекту архитектора А.Л. Ротача деревянные ограждения на мосту были заменены чугунными решетками художественного литья, установлены торшеры с фонарями.

Ремонты моста проводились к 300-летию Санкт-Петербурга, затем в 2016–2017 гг.

Рядом с Иоанновским мостом на сваях установлена фигурка зайца высотой в 58 см, получившая неофициальное название «Зайчик, спасшийся от наводнения». Памятник был открыт 8 мая 2003 года в честь завершения ремонта переправы и 300-летия Петербурга. Авторы проекта — петербургский скульптор Владимир Петровичев и архитектор Сергей Петченко.